與大多數管弦樂團相較之下，捷克愛樂樂團經常受到本國政治和經濟局勢變化的衝擊影響，不過從成立之初樂團便享有盛名。樂團 1896 年的首場音樂會便由捷克著名作曲家德弗札克指揮，1908 年樂團更在馬勒的率領下首演其《第七號交響曲》。不過引領樂團發展的關鍵人物則是捷克指揮家塔利希 (Václav Talich)。自 1918 年捷克共和國成立以來，塔利希擔任首席指揮的 22 年間帶領樂團揚名國際，建立了樂團著稱的光澤音色與躍動靈活的節奏感。二戰動盪期間，樂團一度被納粹當局強迫在德國演出。傑出的捷克指揮家庫貝利克 (Rafael Kubelík) 領導愛樂樂團度過戰後時期，他在 1948 年捷克共產黨掌權後被迫流亡西方。1989 年「絲絨革命」引入民主制度，樂團的財務狀況逐漸回穩，藝術水準也逐步提升。俄裔美國指揮家謝苗·畢契科夫 (Semyon Bychkov) 在 2018 年成為首席指揮，他率領樂團錄製的柴可夫斯基與馬勒交響曲備受讚譽，證明了捷克愛樂站穩世界頂尖樂團之列。