Da giovane, in veste di direttore della Czech Philharmonic, rifiutò di salutare i nazisti e fuggì per fare ritorno solamente alla caduta del comunismo. Strenuo difensore del concerto per violino di Schoenberg, nel corso della breve esperienza alla Chicago Symphony Orchestra, Kubelik ha audacemente proposto un repertorio moderno, da Hindemith a Bartók, accanto ai tardo-romantici. Ha diretto a New York, Berlino e Vienna ma il suo cuore è rimasto in patria: alcune delle sue più intense registrazioni omaggiano Dvořák, Smetana, and Janáček.