Le groupe est créé en 1979 à Los Angeles. Son histoire est tumultueuse, car excepté le chanteur, tous les musiciens quitte la formation, parfois pour y revenir. Le groupe s'essayera à différents styles de musique et changera de label au cours de son existence. Malgré cette instabilité, Bad Religion est un immense groupe de la scène punk rock et leur album Suffer, sorti en 1988, est considéré comme l'un des plus grands albums punk de tous les temps. Ils ont été une influence pour de nombreux groupes qui ont suivi comme The Offspring ou encore AFI.