В третьей части минор уступает место мажору, а внешние силы разрушительной судьбы отступают перед сердечной молитвой. Обдумывая концепцию этой части, Бетховен писал о «благочестивом песнопении в симфонии, в старых ладах», предполагалось, что уже в этой части может вступить хор со словами «Господи, мы хвалим Тебя, аллилуйя». От этих идей композитор в процессе работы отказался, однако аллюзия, намек на некий таинственный обряд, осталась. Уже в самом начале части слышна перекличка между воображаемыми «хором» и «органом». В основной теме части есть черты жанра менуэта, но очень медленного, словно этот танец остался в прошлом, став нежным и дорогим воспоминанием, светлой мечтой, ведущей к освобождению от мрака и хаоса.