Вторую часть композитор не называет «Скерцо», тем самым дистанцируясь от обозначения «шутка», однако в ремарке перед кодой все-таки пишет – Scherzo da capo. Элементы юмора здесь все же присутствуют, равно как и элемент игры, но это скорее «игры богов». Л. В. Кириллина сравнивает происходящие внезапные «сдвиги» и «растяжения» с тектоническими или даже астрофизическими процессами. От Скерцо Девятой – прямой путь к Скерцо из симфоний Брукнера, а затем к Малеру и Шостаковичу. В партитуре Скерцо появляются тромбоны (в первой части они молчат), использовавшиеся ранее Бетховеном только в финале Пятой и в сцене грозы Шестой. Во времена Бетховена тромбон – все еще инструмент скорее церковный и театральный, нежели симфонический. Для Бетховена это особая краска, указывающая на связь с сакральным смыслом. Мажорное трио части начинается как плясовая (многие исследователи справедливо отмечали параллель с «Камаринской»), а завершается хоралом, напоминающем об ораториях Генделя.